G.I. Joe: Snake Eyes îl are ca protagonist pe Henry Golding în rolul lui Snake Eyes, un singuratic ambițios care e primit în rândurile clanului japonez Arashikage după ce îi salvează viața celui care urma să devină liderul clanului. Imediat după sosirea lui Snake Eyes în Japonia, membrii clanului îl inițiază în arta războinicilor ninja, dar îi oferă și căminul după care tânjea de atâta timp. Când secretele din trecutul său ies la iveală, onoarea și loialitatea lui Snake Eyes sunt puse la încercare, cu riscul ca încrederea celor la care acesta ține cel mai mult să piară pentru totdeauna…